М. Н. Гернет является автором нескольких сот печатных работ по уголовному праву, процессу, криминалистике, уголовной статистике. В течение нескольких десятилетий М. Н. Гернет работал над исследованием истории царской тюрьмы; собрал, систематизировал и обобщил огромный фактический материал, относящийся к истории царской тюрьмы почти за два века. Первому тому "Истории царской тюрьмы" предпослан очерк жизни и деятельности М. Н. Гернета, написанный профессором А. А. Гершензоном. В первом томе исследование доведено до восстания декабристов в 1825 году. Автор последовательно знакомит с характером общегосударственной и уголовной политики исследуемого периода, с тюремным законодательством и с фактическим состоянием тюрем, как Петропавловская и Шлиссельбургская крепости, монастырские тюрьмы и общеуголовные места лишения свободы